初めに、「菓子メーカーくん」のプログラム自体は、すでに適格請求書等保存方式（インボイス制度）に対応済です。ご安心ください。
ですから簡単に申し上げれば、税務署に課税事業者として登録申請手続を完了していれば、通知された登録番号を１ケ所入力するだけで、すぐに適格請求書としてご利用いただけます。
また、適格請求書等保存方式（インボイス制度）が正式に開始されるのは、2023年10月1日からです。
因みに、インボイス制度のインボイスとは、英語で請求書という意味です。貿易業務ではインボイスという用語は頻繁に使用されています。
１ケ所の入力とは、補助メニュー、環境設定の画面を開いて、画面右下の振込先２項目で、以下のように登録番号を入力すればOKです。

登録申請手続は通常、御社専属の税理士を通して行われます。申請して登録番号を取得するまでの期間は現在ですと、約１ヶ月かかるそうです。また、申請期間は2023年3月31日までとなっております。
税務署から審査を通過して通知される登録番号は、Ｔ＋法人番号という構成になります。

重要なことなので繰り返しますが、適格請求書開始日と登録申請手続期限は以下のようになっております。

補助メニュー、環境設定画面の振込先2の項目に、登録番号を以下の形式で入力します。
登録番号：　＋　Ｔ　＋　１３桁法人番号

実際の請求書印刷で、振込先2に入力した登録番号が振込先の下に印字されているのが確認できます。これで適格請求書の完成です。

基本的に、振込先はメインの振込先１件で済ませます。確かに３０年ぐらい前は、複数件振込先を表示した方が親切みたいな考え方がありましたが、現在は銀行のオンライン化も進歩しており、そのような考え方は必要なくなりました。１件で十分事足ります。

どうしても２件目の振込先が必要な場合は、プログラムを２ヶ所変更する作業を行いますので有料になります。２ヶ所とは請求書印刷と請求問合せの印刷プログラムで、費用は５万円かかります。
作業は印刷プログラムで、社名・住所・電話番号、振込先１・２の位置を上方向に5mm移動させて、登録番号を印字する場所を確保します。

例えば、３万円以下の請求の場合は、振込手数料を御社負担でお願いしますというようなメッセージで使用している場合があります。

振込先2を使用したメッセージ表示を止める代わりに、もっと大きくはっきりした形で認識できるように、ワード文書を活用します。 弊社が作成したワード文書、振込手数料御社負担.docxをここからダウンロードして活用します。

次に、ダウンロードしたワード文書を、マイクロソフトワードを使用して、すでに印刷した請求書の上から、再度二重に印刷します。結果は以下のようになります。